日本のメダカ(Oryzias latipes) は大きく北日本集団と南日本集団に分かれる。
両集団間で遺伝的多型が大きく，メダカが実験魚として価値のある理由の一つとなっている。
北日本集団由来の近交系としてKaga系統とHNI系統が、南日本集団由来の近交系として, Hd-rR 系統とCab系統がよく使われる。
メダカの体色は４つの異なる色を持つ色素細胞（胞）によって決まる．野生型のメダカ（通称黒メダカ）はすべての色素を持つが，ヒメダカはそのうち黒色色素胞の黒色を作りだす遺伝子Bに変異があり，黒色が抜けて（薄く）なっている。実験で用いられるcab と Hd-rR は基本的にヒメダカ系統である（南日本集団がヒメダカという訳ではない）。

卵の大半は透明な卵黄に占められており、細胞は卵黄の左側表面に認められる．卵黄中に認められるキラキラ光る球状構造は油滴である．小さな油滴は受精とともに融合し，大きくなりつ，細胞が存在するのとは反対側の植物局側へ卵黄中を移動する．１細胞は分裂を繰り返し胞胚期に至る（１０秒）．その後も分裂を繰り返すが，卵黄に対する細胞の占める割合は変わらないように見える．やがて覆いかぶせ運動開始する（５０秒）．細胞の集合は映像の左から右へ（動物極側から植物極側へ）透明な卵黄を覆っていくのが見て取れる．1/3ほど卵黄を覆ったところで胚全体が収縮運動（律動運動）を開始するが，このころが原腸胚に相当する（1分５秒）．原腸陥入に伴って体軸が見え始める．この映像で軸がはっきりする頃には覆いかぶせ運動は植物極（油滴があるところ）にまで達している（２分）．この後は体軸が伸長し様々な器官が形成されていく．左側が頭部（この映像では卵黄の向こう側で見えにくい）で右側が尾部である（３分）．